По порядку.
Дхарма там была так же, как и потеряшки - по зову одного из братцев-неумерайцев. А конкретно, то Джейкоба. Но потом АнтиДжейкоб нашёл там Бенджамина, которого обманным путём заставил всех дхармовцев замочить. Сделал он это для того, чтобы, выдавая себя за Джейкоба, заставить "других" ему подчиняться и таким образом, найти лазейку к убийству брата. Дхарма Джейкобу была нужна, так как он, во-первых, искал кандидатов на смену, а во-вторых, любил ставить эксперименты над людьми, загоняя их в разные условия (об этом говорится в последней серии 5 сезона, когда впервые показывают братьев, и они видят "Чёрную скалу".
Майкла показывали - он умер на корабле, а его дух остался "запертым" на острове, так как он не смог искупить свои грехи (убийство Анны и Либби и предательство остальных). Поэтому в церкви его не было. А Уолта не показали, потому что актёр вырос, как лось и стал непригодным для съёмок. :0)))) А объяснить это можно тем, что в церкви собрались т.н. "родственные души", а Уолт к ним вообще не относится, у него другая жизнь, и остров в ней - не самое главное. Вообще, смысл церкви не собрать всех, кто был на острове в тот период, а другой.
Про пещеру сама не втупила, точнее, своя версия есть, но она не обосновывалась в сериале, поэтому это лишь догадки и ничего более.
Платье и брюки - это ляп. Вроде бы, режиссёры официально ещё пока это не признали, но это реально ляп. Типа как в Гарри Поттере в русском переводе, что Невил - преподаватель Зельеварения, а не Травологии. :0)))))Хотя, можно предположить, что в церкви она взяла у Деза своё шмотьё и переоделась обратно, пока Джек беседовал с папашей.